侯君集击破高昌返回后，因为军纪不严，受到弹劾，于是心中颇为怨恨不满。

李道宗对唐太宗说：“君集智小而言大，必为祸首。”

唐太宗问李道宗说：“你凭为什么说他必会谋反呢？”

李道宗回答说：“见其忌嫉而矜其功勋，耻其位在房玄龄与李靖之下，官为尚书，而常怀郁郁不平之气。”

唐太宗说：“君集确实有功，也有才干，我怎会吝惜爵位呢？只是还未轮到他。你不应该随意猜测，让人猜疑自危。”

贞观十七年(643年)，太子李承乾担心自己被废，得知侯君集常有怨恨，而侯君集的女婿贺兰楚石又在东宫任职，于是多次派他引侯君集入东宫商议对策。

侯君集觉得李承乾无能，想利用他，于是劝李承乾谋反。侯君集与李承乾谋划好之后，担心计划泄漏，心中不安，常常晚上睡不着觉。

他妻子感到非常奇怪，于是就对侯君集说：“你是国家大臣，每天晚上这样，一定是有什么事。如果你做了什么对不起国家的事，应该自己到皇上面前去请罪，这样才能保全自己。”

但侯君集没有听妻子的话。

此后李承乾谋反的事情被人告发，太子之位被废，贺兰楚石又将侯君集与李承乾一起谋划的事告诉了李世民。

李世民觉得侯君集有安定国家的大功，不想治侯君集的死罪，但群臣进谏说侯君集的罪天地难容。

李世民非常难过，将侯君集处死，临死前侯君集请求赦免自己的妻子和儿子，好为自己守丧。李世民同意后将其妻子儿子迁至岭南。

这件事牵连甚广，李靖的儿子李德謇当时在朝中是从四品下的官员，职务是将作少监。

李德謇因与承乾关系较好，所以受到牵连，被流放岭南。后以李靖的缘故，唐太宗格外开恩，允许他徙至吴郡。

李靖此人有深刻的洞察力，知人善任，并且对于朝中大臣的人品和才华，有自己独到的判断。

有一次唐太宗问他说：“老哥哥，你我年龄一天天大了，总有老去的那一天，国家大事，总是要托付给适合的人才行啊！今后我万一身体不行了，想要安排李勣和长孙无忌两个人共掌国政，辅佐太子，你看这样的安排合适不合适？”

李靖说：“李勣这个人，是个忠义之臣，你任命他完全没有问题。长孙无忌这个人有佐命大功，又是陛下的大舅哥，长期担任宰相，但这个人外表看起来折节下士，其实内心里嫉贤妒能，所以尉迟敬德多次公开指责他，最后气不过只好引退，闭门不出。侯君集也恨他忘记旧情因此谋反，这都是长孙无忌这个人种下的恶果。陛下你问我，我只好实话实话，不好隐瞒。”

唐太宗听后不以为然，照样对长孙无忌非常信任，多年以后，长孙无忌又得罪了武则天，等到武则天完全把控了朝政，对长孙无忌进行了清算，这个时候大家才明白，还是李靖看得远。

唐太宗晚年，身体越来越不好，想安排后事，于是又一次召见李靖说：“老哥哥，你经常说李勣懂兵法，日后这个人值得托付吗？现在这个人只有我可以控制他，日后太子登基，怎么能够驾驭他呢？”

李靖回到说：“我为陛下献一计，到时候就把李勣提前罢黜掉，让太子登基之后再启用他，他一定会感恩图报，这样做合情合理。”

唐太宗说：“很好！我没有疑虑了。”

李靖在自己的军事生涯中，还非常重视使用番将，对他们精心培养。这些人都成为一代名将。

唐太宗有一次问李靖：“近契丹、奚皆内属，置松漠、饶乐二都督，统于安北都护。朕用薛万彻，如何？”

靖曰：“万彻不如阿史那社尔及执失思力、契必何力，此皆番臣之知兵者也。臣尝与之言松漠、饶乐山川道路，番情逆顺，远至于西域部落十数种，历历可信。臣教之以阵法，无不点头服义。望陛下任之勿疑，若万彻，则勇而无谋，难以独任。”

公元644年(贞观十八年)，李世民准备亲自征伐高丽，他召见李靖说：“高丽数侵新罗，朕遣使谕，不奉诏，将讨之，如何？”

靖曰：“探知盖苏文自恃知兵，谓中国无能讨，故违命。臣请师三万擒之。”

太宗曰：“兵少地遥，何术临之？”

靖曰：“臣以正兵。”

太宗曰：“平突厥时用正兵，今言正兵，何也？”

靖曰：“诸葛亮七擒孟获，无他道，正兵而已矣。”

在李靖的眼里，只需要三万精兵，就可以解决高丽的问题，擒获他们的国王。

这就是李靖的能量。

唐太宗最后还是决定御驾亲征，他想让李靖跟随自己一起去，但是，李靖重病在身，不能起床了。

唐太宗第二天亲自登门，到李靖的病床前，拉着李靖的手和李靖告别。

李靖说：“老臣宜从，但犬马之疾，日月增甚，恐死于道路，仰累陛下。”

唐太宗抚其背曰：“勉之，昔司马仲达非不老病，竟能自强，立勋魏室。”

李世民话里有话，让李靖听了自然是不寒而栗。

因为三国时候的司马懿，是有不顾年老体衰，仍然多次立功疆场的一面，但是，他还有故意装病，欺骗大将军曹爽的另一面。

公元249年，魏帝曹芳离开洛阳去祭扫魏明帝的坟墓高平陵时，大将军曹爽跟随，司马懿乘机发动兵变，最终诛杀曹爽。

李世民言外之意，对李靖托病不跟随自己出征，非常不满意，说李靖比不上三国时的司马懿，不能立功疆场。也有对李靖的借机敲打，你李靖是不是装病，也想趁机造反？

李靖看唐太宗把话已经说到这个份上了，只好叩头说：“老臣请举病行矣。”

到了相州（今河南安阳），李靖病情加重，不能走了，只好停下来养病。

唐太宗看事已至此，只好留下李靖，带领大军继续东行。

唐太宗东征高句丽，李靖虽然未能成行，但他对辽东战局非常关心，经常阅读朝廷的战报，做出了自己独立的判断。

唐太宗亲征高句丽，不利而还，班师后询问李靖唐军失利的原因。

李靖指出，唐军失利，原因在于顿兵于坚城之下，旷日持久，若从江夏王李道宗之谋，避实击虚，出奇兵越险直捣平壤，可收出奇制胜之效。

《隋唐嘉话》记载：驻跸之役，高丽与靺羯合军，方四十里，太宗望之有惧色。

江夏王进曰：“高丽倾国以抗王师，平壤之守必弱，假臣精卒五千，覆其本根，则数十万之众，可不战而降。”

帝不应。既合战，为贼所乘，殆将不振，还谓卫公曰：“吾以天下之众，困于蕞尔之夷，何也？”靖曰：“此道宗所解。”

时江夏王在侧，帝顾之，道宗具陈前言，帝怅然曰：“时匆遽不忆也。”

贞观二十三年（649年），李靖病情恶化，唐太宗亲临病榻慰问。

他见李靖病危，涕泪俱下，十分难过地对李靖说：“公乃朕生平故人，对国家有功劳。如今病到这种地步，为公感到担忧。”

这年四月二十三日（7月2日），李靖溘然长逝，大唐第一战神结束了自己传奇的一生，享年七十九岁。

唐太宗下诏赠司徒、并州都督，给班剑、羽葆、鼓吹，陪葬昭陵。谥曰景武。坟墓如同卫青、霍去病故事，筑坟形如同突厥内燕然山、吐谷浑内积石二山形状，“以旌殊绩”。